বয়লারে বিদ্যুৎ সরবরাহ চালু করার পরই কন্ট্রোলার তার প্রথম কাজ হিসেবে নিজের অভ্যন্তরীণ ব্যবস্থা পরীক্ষা করে, যাকে স্ব-পরীক্ষণ মোড (Self-checking mode) বলে। এই পর্যায়ে এটি প্রিন্টেড সার্কিট বোর্ডের যোগাযোগ, সকল সেন্সরের সংযোগ, লিমিট সুইচের অবস্থা, ফুয়েল ভাল্বের লিক টেস্ট, ফ্যানের রেডি সিগন্যাল এবং এয়ার সুইচের অফ অবস্থা যাচাই করে। সবকিছু ঠিক থাকলে কন্ট্রোলার স্ট্যান্ডবাই মোডে চলে যায়।

অপারেটর স্টার্ট বাটন চাপলেও কন্ট্রোলার সঙ্গে সঙ্গে বার্নার চালু করে না। বরং এটি প্রথমে কয়েকটি গুরুত্বপূর্ণ নিরাপত্তা শর্ত পূরণ হয়েছে কিনা তা নিশ্চিত হয়। যেমন: পানি নিম্নস্তরে আছে কিনা, উচ্চচাপ ট্রিপ সক্রিয় হয়েছে কিনা, ইমার্জেন্সি স্টপ সাধারণ অবস্থায় আছে কিনা, ফার্নেসের তাপমাত্রা নিরাপদ সীমায় আছে কিনা এবং দহন বায়ুর সুইচ প্রস্তুত কিনা। কন্ট্রোলার প্রতিটি সংশ্লিষ্ট সেন্সর থেকে সিগন্যাল নিয়ে নিশ্চিত হয়। এগুলোর যেকোনো একটিতে ত্রুটি থাকলেই স্টার্ট কমান্ড গ্রহণ করবে না।

সকল প্রাথমিক শর্ত পূরণ হলে কন্ট্রোলার ফার্নেস পরিষ্কার করার প্রক্রিয়া শুরু করে। এটি একটি বাধ্যতামূলক নিরাপত্তা নিয়ম (NFPA স্ট্যান্ডার্ড)। এই ধাপে ফ্যান চালু হয় এবং ড্যাম্পার পুরোপুরি খুলে গিয়ে একটি নির্দিষ্ট সময় (২০-৬০ সেকেন্ড) ধরে ফার্নেসে বাতাস প্রবাহিত হয়। এর উদ্দেশ্য হল আগের কোনো অপারেশন থেকে ফার্নেসে জমে থাকা দাহ্য গ্যাসগুলো বের করে দেওয়া। এই পুরো সময় জুড়ে ফুয়েল ভাল্ব সম্পূর্ণরূপে বন্ধ থাকে। প্রি-পার্জ সফলভাবে শেষ হলে কন্ট্রোলার ইগনিশন ধাপে অগ্রসর হয়।

এ ধাপে কন্ট্রোলার ইগনিশন ট্রান্সফরমার চালু করে স্পার্ক তৈরি করে। সেই মুহূর্তেই এটি পাইলট ফুয়েল ভাল্ব খুলে দেয়, যার ফলে পাইলট ফ্লেম তৈরি হয়। একই সাথে কন্ট্রোলার আল্ট্রাভায়োলেট বা ইনফ্রারেড ফ্লেম সেন্সরের মাধ্যমে শিখা শনাক্ত করার চেষ্টা করে। এখানে একটি সুরক্ষা সময় (সাধারণত ৩-৫ সেকেন্ড) বরাদ্দ থাকে। এই সময়ের মধ্যে শিখা শনাক্ত না হলে কন্ট্রোলার পুরো সিস্টেম লকআউট করে দেয়, অর্থাৎ জ্বালানি সরবরাহ বন্ধ করে নিরাপদ মোডে চলে যায়।

পাইলট ফ্লেম জ্বালানোর পর কন্ট্রোলার ফ্লেম সেন্সরের মাধ্যমে ক্রমাগত এটি পর্যবেক্ষণ করে যে শিখাটি স্থিতিশীল কিনা। যদি শিখা অনির্বাপভাবে জ্বলে বা এর সিগন্যাল দুর্বল হয়, তাহলে কন্ট্রোলার ঝুঁকি নেয় না। সে পুনরায় ইগনিশনের চেষ্টা করতে পারে। সাধারণত দুই-তিনবার চেষ্টা ব্যর্থ হলে এটি স্থায়ী লকআউটে যায়।

পাইলট ফ্লেম সম্পূর্ণভাবে স্থিতিশীল ও নির্ভরযোগ্য বলে নিশ্চিত হলে, কন্ট্রোলার প্রধান ফুয়েল সোলেনয়েড ভাল্ব খুলে দেয়। ফলে বড় এবং পুরোপুরি বার্নার ফ্লেম তৈরি হয়। প্রধান ফ্লেম শনাক্ত হওয়ার পর ইগনিশন সিস্টেম বন্ধ করে দেওয়া হয় (পাইলট ফ্লেম তখন ঐচ্ছিকভাবে বন্ধ বা জ্বালানো থাকতে পারে)। এই পর্যায়ে কন্ট্রোলারের লজিকের মধ্যে থাকে: ড্যাম্পারকে রানিং পজিশনে নিয়ে যাওয়া, ফুয়েল ভাল্বকে আনুপাতিক হারে খোলা, ফ্লেম সেন্সরের মাধ্যমে অবিরত নজরদারি এবং গ্যাস/তেলের চাপ ঠিক আছে কিনা তা যাচাই করা। এই ধাপে যেকোনো ত্রুটি ঘটামাত্রই সিস্টেম ট্রিপ করে, অর্থাৎ জ্বালানি সরবরাহ বন্ধ হয়ে যায়।

এখন বয়লার সম্পূর্ণরূপে চালু হয়ে বাষ্প বা তাপ উৎপাদনে সক্ষম। এই চলমান অবস্থায় সিকুয়েন্স কন্ট্রোলার নিম্নলিখিত কার্যক্রমগুলো নিয়ন্ত্রণ ও নজরদারি করে: বাষ্পের চাপ নিরীক্ষণ, পানির স্তর পর্যবেক্ষণ, বাতাস ও জ্বালানির অনুপাত নিয়ন্ত্রণ, ড্যাম্পার ও ফুয়েল ভাল্বের মড্যুলেশন এবং অতিতাপন সুরক্ষা। সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ হল, এটি ফ্লেমের ওপর অবিচ্ছিন্ন নজর রাখে। এই পর্যায়ে বিভিন্ন ইন্টারলক অত্যন্ত সক্রিয় থাকে, যেমন: ফুয়েল ভাল্ব ইন্টারলক, এয়ার সুইচ ইন্টারলক, উচ্চচাপ ইন্টারলক, নিম্নপানি স্তর ইন্টারলক, ফ্লেম ফেইল ইন্টারলক এবং ফ্যান মোটর ইন্টারলক। এই ইন্টারলকগুলোর যেকোনো একটিও সক্রিয় হলে (অর্থাৎ শর্ত পূরণ না হলে) কন্ট্রোলার সাথে সাথে জ্বালানি সরবরাহ বন্ধ করে দেয়।

যখন অপারেটর স্টপ বাটন চাপেন বা লোডের চাহিদা শেষ হয়, তখন কন্ট্রোলার শাটডাউন প্রক্রিয়া শুরু করে। প্রথমে প্রধান ফুয়েল ভাল্ব বন্ধ করে দেওয়া হয়। তবে ফ্যান তখনও চালু থাকে এবং ড্যাম্পার খোলা রাখা হয়, যাতে একটি পোস্ট-পার্জ (পরবর্তী পরিষ্কারকরণ) করা যায়। এই পোস্ট-পার্জের সময় ফার্নেস ও সংশ্লিষ্ট নালিপথ থেকে অবশিষ্ট তাপ ও গ্যাস বেরিয়ে যেতে পারে। ইগনিশন সিস্টেম এই সময় বন্ধ থাকে। পোস্ট-পার্জ সম্পন্ন হলে কন্ট্রোলার আবার স্ট্যান্ডবাই মোডে ফিরে যায়, পরবর্তী চালু কমান্ডের জন্য প্রস্তুত থাকে।